仓库治理和税收整顿相比更加重要，不仅是关系到国库的充盈，而且还关系到粮食的保障，俗话说手中有粮，心中不慌，朱由校专门将陈所闻叫来，要求他带人制定仓库管理法规，在入库出库，定时检查，临时抽查，防火，防霉，防盗各方面都制定详细的规则。并让魏忠贤在每个仓库都设置两名锦衣卫监督，一年一换。
而经济调查局则设立了仓库巡视组，可随时进行抽查，只要发现账目和实物不符，则整个仓库所有吏员一起降级降俸，而出事的人则会移交法院审理判刑。
朱由校认为，只要制度设计合理，有监督机构，这仓库的管理是不会出大问题的。当然，对于如何防火防盗防霉，那自然要交给研究院的学生去研究了。
朱由校需要修养生息，他准备用十年时间消化已经取得的济州、新州、大农岛、奴尔干和吕宋及越南等地，先稳定这些地方，大力推行汉化教育，增强各地对中华文化的向心力。同时要通过这些地方向国内输送粮食，保证国内粮食供应。
而孙承宗在宣府镇，和蒙古人关系搞得极好。孙承宗面色严肃，却颇得蒙古人信任。因为蒙古人觉得他是个信人，说什么就是什么，从来不会有欺瞒的行为。与蒙古人的互市活动开展得很是顺利。
从隆庆，万历以来，与蒙古的互市之处有十一处：大同的得胜堡，新平，守口，宣府的张家口，山西的水泉营，延绥的红山寺堡，宁夏的清水营，日中卫，平虏卫，甘肃的红水扁都，高沟寨。
每年开市期间，由大明和蒙古各率兵一部维持秩序。地点一般设在边墙外，围着高墙形成一个瓮城样。一般一个地方互市时间大约是半月到一月。
而孙承宗来到宣府后，将本来有些已经废弃的互市地如红山寺堡恢复过来，而且将市场常规化，每月开市一次，一次五天。而双方驻扎的部队大规模地削减，只保留了两方各一百人维持秩序。
大明在每个市场内都设立了一个法庭，专门处理双方的贸易纠纷。法庭对汉蒙一样对待，并无有偏倚。在交易中大明朝廷专门规定有价格，务使客商有利，夷价无亏。比如上等骟马一匹十七元，中等骟马一匹十四元，下等骟马一匹十二元，而牛羊诸物，也均有价格规定。
这样的措施使得汉蒙两方都有获利，蒙古人是很实诚的，他们感激孙承宗的公正，越来越多的人来到市场进行交易，也爽快地交纳给明朝税务局二十税一的交易税，这是大明第一次在与蒙古的交易中获得税收，虽然少，但却是一个了不得的象征。
大明从蒙古获得大量的马匹，牛羊，畜皮，羊毛，这些东西对于蒙古人来说并不珍贵，特别是羊毛，根本是完全没用的垃圾，而大明竟然愿意用钱来买，这使得蒙古人对大明人又是感激，又是鄙夷。
有些蒙古人偷偷将未骟的马卖给大明人，这种事大明自然是乐见其成的，而蒙古人起先还严防死守，禁止有人售卖种马，但后来发现根本没有办法禁绝，也就听之任之了，只是明面上还是禁止进行种马交易。
一个月五天虽然比之以前，已经有极大的进步，但离市场较远的蒙古部落却没有办法跑这么远来交易，所以大明这边组织了一些商队，进入了草原深处。
魏忠贤和骆思恭商议后，从研究院地理科征调了部分学生暂时进入厂卫。这些学生心气很高，无论如何也不愿意加入锦衣卫，任文职也不行，所以只好借用。
这些学生以账房的身份加入到了锦衣卫挑选的商队中，每个学生配备了十名锦衣卫探子做护卫。魏忠贤交代，无论如何，都要保证学生的安全。
随着商队的深入草原，一幅幅地图被绘了出来，商队越走越远，他们穿过归化城，再经过喀尔喀部最大的活佛哲布尊丹巴呼图克图驻锡地敖尔告（宫殿的意思），最后深入到了遥远的小海，这里在汉代叫北海，后世叫作贝加尔湖，现在由不里牙惕部落控制着。
商队将自己带着的镜子，肥皂，蜡烛，茶砖和丝绸拿出来后，受到了这里的不里牙惕人的热烈欢迎。他们用小海中的鲜鱼招待商队，并用沙金来交换商队的物资。这让本来准备亏本的商队不但是没亏，还赚得比其它的商队多得多。
各个商队回到大明后，将地图交给孙承宗，在地理科学生的拼凑下，北方的地形地势便慢慢地呈现在面前。孙承宗将地图复制后送入京城，并向皇帝请求，要在归化到小海这一带，建造大量的交易市场。
朱由校将众大臣召集到云台，命人将地图挂在墙上，他踱到地图前，用棍子指着小海说道：“这就是苏武牧羊之北海，朕心中有一个梦想，有朝一日，这小海全境，都为我大明所有。”
卢象升和熊廷弼跪倒在地道：“主忧臣辱，臣等必为陛下取来小海。”皇帝说出这样的话来，他们不得不如此回答，虽然两人都明白，现在与蒙古人大规模地开战其实并不是一个恰当的时机。
而文臣们则都默默无语，说实话，在他们看来，大明物产丰富，而蒙古人占领的草原对大明根本就是无用，大明人又不会放牧，占来了干什么？
孙传庭身为兵部尚书，见文臣没有动静，只好跪倒道：“陛下，我大明近卫军，随时愿意为陛下取得您想要的领土。”
朱由校有些失望，大明的尚武之风还是没有建立起来，除了这三个不得不出言附合自己的与军队有关的大臣，其他大臣根本就不愿意去开拓疆土。
他笑道：“起来吧，我们君臣四人，便来看看如何取得小海。”
这话就有些重了，方从哲上前道：“陛下，以前您不是定下国策，对元人只能用怀柔手段，慢慢拉拢分化吗？现在直取小海，便是欲与蒙古全面开战，我近卫军战力虽强，然人数终究太少，我们虽然在扩军，但因为对质量的要求甚严，训练颇费时间，在这个时候劳师远征，只怕不大适宜，请陛下深思。”