孙承宗第二天就动身前往福建，福建巡抚南居益带着大量的官员在巡抚衙门前迎接，在例行的问候后，南居益将孙承宗请进了衙门。
分宾主坐下后，南居益开口道：”去年我已经派了千总陈士瑛前住巴达维亚，晓谕荷兰人，要他们停止对沿海的侵扰，应该快要回来了。“
孙承宗问道：”如果我们现在进攻澎湖，可有胜算？“
下首的福建总兵俞咨皋起身回道：”阁老，前日都是红毛来犯，我等以逸待劳，所以取得胜绩，如果主动进攻澎湖，只怕难以取胜。“
孙承宗沉下脸来道：”俞总兵，本官接到的消息是贼只一千人，这样都不能胜吗？“
俞咨皋大冷天的汗都出来了：”回阁老，我福建水军已经有十三年没有造过一艘新船，原来的船也一直没有修缮过，水军士兵操练少，所以……“
孙承宗打断他的话道：”为什么没有造过新船？“
俞咨皋看了看南居益求援，南居益叹了口气道：”我福建多山，收益本就少，而朝廷所拔银两连水军饷银都供应不了，实在不能怪俞总兵。“
孙承宗点了点头：”原来如此，皇上说大明皇家银行在福建开设分行，并且拔给福建水军共三十万块钱，先满足饷银，总不能要兵士饿着肚子去打仗。然后修缮船只武器，等陈千总回来后，我们再决定行止。“
孙承宗第二天就亲自前去巡视水营，确实如俞咨皋所说，水军的船都是旧船，不管是船上的器械还是甲板，都是破破烂烂，船上连火炮都没有。
孙承宗问道：“荷兰人的船不是都有火炮吗？你们没有火炮怎么和他们拼。”
俞咨皋眼泪都要掉下来了：“我们用小船纵火，然后用水底龙王炮埋于敌船必经之路上，这样才沉了敌人一艘船。”
孙承宗安慰道：“皇上已经命人将火炮装在大船上，在天津卫实验好以后，就会运来福建，皇上说，应该比荷兰人的火炮大一些，在对射时会占优势。”
俞咨皋大喜，上次与荷兰人交手，如果不是凭借熟悉地形，然后手下用纵火船引诱敌船改航到水底龙王炮埋藏之处，只怕早就被荷兰人的火炮将所有船击沉了。自己有了火炮，那就不怕了。
孙承宗对士兵倒是很满意，士兵们精神状态很不错，虽然衣服破烂，但兵刃保护得很好，并没有出现生锈的情况，至于火铳则数量较少，也全是旧式的火绳枪，朱由校让他来的时候带了一千枝无刺刀的燧发火铳，一千柄带护手的钢刀，应该可以装备这支水军了。
视察过后，孙承宗对俞咨皋道：“火炮运来应该还有些时日，但本钦差带来了一千新式火铳和钢刀，俞总兵先选取作战勇猛的士兵先训练一下新式火铳，到时应该可以增强战力。”
俞咨皋道：“陈千总手下是水军中的精锐，可以将新武器发给他们先用。”
几天后，陈士瑛回来了。他向钦差大人等人汇报了整个过程：“属下于去年受巡抚大人派遣前往巴达维亚，坐的是洋商黄合兴的船，我们来到三角屿，遇到了四支夷船，他们说他们的王已经往阿南国去了，所以属下去宣谕没有得到回音。荷兰人要发五支夷船直抵澎湖，以求通市，黄合兴阻止了他们。然后和他们一起来到大泥，我们去谒见大泥王，大泥王说，要从各地发船前住澎湖，若不允市，则必动干戈。”
（阿南国即是荷兰国，大泥是现在泰国北大年，所谓的大泥王是指荷兰驻当地的官员。）
孙承宗道：“圣上有旨，可以同意荷兰人的通商要求，所以陈千总派人去澎湖，要他们先让能说得上话的人来此地，我们商谈通商事宜。”
南居益和俞咨皋都很奇怪，南居益问道：“真的要和他们通商吗？我还以为是要和他们打呢。”
孙承宗笑道：“先要谈得拢才行，谈不拢还是要打的，所以做好两手准备，皇上说，不打一下，只怕他们不会同意我们的条件。”
于是陈士瑛派人去澎湖宣谕，而这时天津卫发来的四艘宝船终于来到了厦门。宝船就是大型的福船，是一种尖底船，底尖上挑，首昂尾翘，树2桅，舱3层，船面设楼高如城，旁有护板。
船首有两座二十四斤炮，船舷每边是十座十五斤炮，每船有火铳发射位共一百个，弓箭位四十个，冷兵器位若干。每船可载船员五百人，吃水可达十三尺（四米多）。
这四艘宝船是朱由校登基后命令修建的，一共修了八艘，现在拿了一半来到福建，可见朱由校对澎湖和台湾的重视。
送宝船来的是近卫军水军副统领郑咤，他带了四百水兵，专门负责操纵福船。到厦门后，船就要交给福建水军了，他们将乘两艘沙船回去。
而俞咨皋不想他们回去，因为福建水军已经有一百多年没有用过福船了，他去找孙承宗，要求将郑咤等人留下操纵福船。
孙承宗道：“他们以前也没用过福船，不是也一样把船开到了厦门吗？”
俞咨皋道：“他们只是航行，并没有作战，而我们要和荷兰人作战，我们福建水军根本连开船都做不到呀，他们至少有这一路的经验呀。”
孙承宗沉吟半晌道：“那好，但是你要让人跟着学习操船。他们现在属于近卫军，我是兵部尚书也没资格调动他们的。先让他们协助你们训练，我会上折子和皇上说明的。”
郑咤听说可以留在福建时其实是很高兴的，因为现在辽南基本上是与建奴对峙，并没有大的战事，而且近卫军在辽南只是运送士兵和军器，他都有些无聊了，现在能参加战斗，他正是求之不得。
于是陈士瑛带着手下跟着郑咤进行宝船的操作训练，而对于郑咤来说，正好近卫军水军以后也要加入宝船，先练好到时上手也会容易得多。